控制Covid-19测试样品

2020年初,世界的病理学和传染病Covid-19测试已经陷入混乱的大流行。的一个关键挑战全球Covid-19测试项目是如何跟踪大量患者样本通过经验或实验室人员现在被要求增加日常吞吐量高达10倍正常工作负载。

在过去的20年样本管理已经从它的起源在实验室完全改变了非常基本的和基本的。一开始,临床样本管理工作通过存储的样品管。这个时候许多实验室,即使是在大医院和制药公司,存储在标准冰箱管未标记的或在最好的手写标签放到架子上或存储管的外面。如果临床实验室非常先进,他们可能有一个条形码样品,一维条码,标签的架子上。数据库存储的样本,如果他们存在,通常只是Word文档或Excel文件,虽然在病理患者样本从一开始就得到了更有效的跟踪。
更高级的样本管理真正始于2 d条形码管。我们今天已经进化到复杂的管和样品跟踪应用程序。样品管理现在被认为是一个真正的、严重的纪律,组织意识到他们的样品是有价值的。
样品跟踪在当前危机的最大的问题是合适的消耗品的可用性,其次是可用的仪器进行测试。与欧洲国家寻求测试100000个样本每天不难看出。如果实验室使用96 - PCR板块为这个测试他们需要每天1000板。通常,这些销售在100板的情况下这是每天10例,每周50例。如果欧盟所有27个成员国,每周1350例PCR板块。现在添加在美国和加拿大,澳大利亚,东南亚…试图模具、冲销、包装和运输,许多盘子,甚至分布在,说,10个不同的制造商是一个主要的后勤问题。再加上液体处理技巧和rt - pcr和RNA提取试剂,也供应不足和问题的严重性就显现出来了。现在短缺的2 d-barcoded管,所以急需帮助追踪大量的样本。
在短期内,如果2 d-barcoded管并不可用,下一个最好的选择是使用线性条形码。这些可以激光打印或喷墨打印到管短期一次性使用,但也许最快的方法是使用它们print-and-apply不干胶标签。两个关键供应商在实验室领域布雷迪标签和Computype。都可以提供打印机、软件设计标签和耗材。通常,样品收据形式应该生成和附加到这应该是一个独一无二的条形码标签上的多个副本。这允许茅屋管携带相同的拷贝的文件和样品的条形码和下游分离。
为了实现某种程度的高吞吐量,可以分为固体聚丙烯样本块或深井微型板块,每个持有96口井。这些都可以有一个线性条形码标签应用于一端或侧面,可以阅读在大多数可用自动化平台,但重要的是,所有的盘子一批有条形码应用相同的结束或侧板从格A1的位置。这将防止板被加载错误的方式在机器人甲板。因为agri-bio广泛的可用性和使用的复合存储、生物合成和示例存储,目前不缺2毫升深井存储盘。这些可以用于RNA清理步骤结合96提供的滤板技术如Millpore,水域和Porvair科学为例。或者,可以使用磁珠分离如果液体处理机器人装备技术。转移到一个96 PCR板仍然是必需的,尽管384 - PCR盘子也可以用来加快吞吐量如果使用的合成可以支持这种小整除。所有这些块和盘子可以携带1 d线性条形码标签。跟踪样品板内依赖于a - 1 - 8井位置坐标准确记录;error-proof少于2 d条形码瓶,但目前更便宜、更容易建立。
rt - pcr试剂是一个棘手的问题,是RNA提取工具。目前,英国是弗朗西斯·克里克研究所的检测试剂盒使用自制试剂逆向工程从专有的解决方案,默克和罗氏。这可能会有风险,显然,没有质量控制或制造商的保证,它将以同样的方式工作,一个现成的工具。然而,克里克Covid-19联盟发表了他们的这些测试标准操作规程优化的网站https://www.crick.ac.uk/research/covid-19/covid19-consortium汉密尔顿明星,明星机器人清理和贝克曼外汇机器人的提取。这些需要适应任何其他机器人在使用(Tecan /珀金埃尔默/安捷伦等)或更小的移液站(坚韧,埃普多夫等)为了复制克里克Covid-19财团协议。弗朗西斯·克里克研究所虽然已经有了2维条形码架从Ziath扫描仪和其他人来说,他们因为没有可用的管。
Covid-19测试协议之后,弗朗西斯·克里克研究所涉及的样本集合拭子在医院网站15毫升猎鹰管。棉签然后转移到未编码的2毫升螺帽塑胶瓶和线性条形码收到样品从每个医院应用于这些,这样机器人的一维线性条形码扫描仪可以扫描在甲板上。不那么复杂的自动化,它应该可以使用商用有线、无线或蓝牙线性扫描仪来自内髓等这一步。机器人然后转移的消化内容每个2毫升瓶的一个好2毫升深井板已条形码在短边。
当然,所有重要样本位置数据需要进入某种LIMS或数据库,rt - pcr结果可以直接绑定到正确的患者样本。有许多可用的系统和软件。一个最简单和最有效的是软件从Ziath样品。这个基本的它是什么?,在哪里?计划是一个易于使用的关系数据库,可以定制跟踪样品由任意数量的用户定义的跟踪标签,使它很容易找到。例如,“所有患者积极的rt - pcr的结果,超过50岁,居住在剑桥,英国的。更复杂的和高度防伪项目如从ModulBio可用以更高的成本,但可以采取相应的更长的时间来获得,安装和使用获得能力。
这些是一些样本的方式管理问题,并将解决Covid-19危机期间和未来。你可以保持更新尼尔Benn在这个问题上的思想通过他的博客Ziath网站http://ziath.com/index.php/blog

作者

尼尔Benn Ziath董事总经理,位于剑桥,英国。它已经存在了接近15年,专门从事仪器对样品管理。他们的主要产品与2 d条形码扫描仪对管架。他们也有样品管理软件和工具来跟踪、挑选和选择管。斯蒂芬•奈特是Ziath商务总监,拥有超过30年经验的科学仪器和耗材。